Nell'anno 2046 la Neuro-sincronizzazione, un'innovativa tecnologia che permette agli esseri umani di manipolare i propri cinque sensi, si è ampiamente diffusa nei luoghi dove la gente può accedere a internet ed entrare in mondi virtuali. Haruyuki "Haru" Arita è un ragazzo basso e grassoccio che ha poca autostima di sé a causa del costante bullismo nei suoi confronti da parte di alcuni compagni di scuola. Per sfuggire ai tormenti della sua vita, Haru si connette al mondo virtuale della scuola, dove gioca da solo a squash e riesce sempre a piazzare record e punteggi incredibili.
Un giorno Haru attira l'attenzione di Kuroyukihime, vice presidente del consiglio studentesco, la quale gli offre il Brain Burst, un programma segreto che permette ad una persona di far sembrare il tempo intorno a lui immobile, "accelerando" a dismisura nel mondo reale le proprie onde cerebrali. Sfortunatamente c'è un limite entro il quale una persona può accelerare dato che ogni accelerazione costa dei punti in Brain Burst e il modo più semplice per accumularne di nuovi è sconfiggere in combattimento altri utilizzatori di Brain Burst nel picchiaduro online multiplayer di massa (VRMMO) del mondo virtuale del programma. Tuttavia, se un utilizzatore arriva a un punteggio pari a zero, il programma Brain Burst si disinstallerà automaticamente e bloccherà ogni tentativo di rinstallazione, facendogli così perdere per sempre la possibilità di accelerare di nuovo. Inoltre un utilizzatore di Brain Burst può dare solo una singola copia del gioco. A causa della natura di Brain Burst, l'installazione può fallire se non vengono soddisfatti determinati requisiti, cioè avere il Neuro Linker dalla nascita e la capacità di ragionare con un'attività cerebrale intensa. Anche se l'installazione fallisce, l'utilizzatore originale che ha dato il programma comunque non potrà più mandarlo a nessuno.
Kuroyukihime vuole che Haru l'aiuti a raggiungere il livello 10, il massimo livello realizzabile, allo scopo di riuscire a incontrare l'inventore di Brain Burst e scoprire il suo vero obiettivo. Ma per poter fare ciò, Kuroyukihime deve prima sconfiggere gli altri cinque utilizzatori di livello 9, conosciuti insieme a lei come "I Sei Re del Colore Puro", capi delle sei più potenti fazioni nel mondo di Brain Burst. Per avergli concesso questo programma ed averlo aiutato a far espellere dalla scuola i bulli che lo opprimevano, Haru accetta di supportare Kuroyukihime con l'intenzione non solo di ripagarla, ma anche di superare le proprie debolezze.
